ارین و لوید در سیستم اداری دولت کندوکاو می کنند، زین را نجات می دهند و رد هسته اژدهای گمشده را می زنند. آن ها با ماموران روبرو می شوند و فرد آشنایی را می بینند. کای به ویلدفایر اهمیت آرامش را آموزش می دهد.
پس از رویداد اسرارآمیزی که جهان را در هم آمیخت، یک نینجای بلندپرواز با یک تکنیسین باهوش همراه می شود تا در دنیای جدید و ناآشنا کاوش کنند.
آرین و سورا قدرت های جدیدی از خود بروز می دهند که می تواند به آن ها در مقابله با شکارچیان اژدها کمک کند. آیا نینجای سبز می تواند به آن ها مهار توانایی هایشان را یاد بدهد؟
در روز آموزش، آرین و سورا یواشکی از معبد بیرون می روند تا به کارناوال تقاطع بروند و پرده از نقشه خبیثانه ای بردارند که مهارت های آن ها را محک می زند.
وقتی کشتی هوایی جایزه بدون هیچ ناخدایی بر می گردد، آرین، سورا و لوید با استفاده از سرنخ ها می خواهند بفهمند چه بر سر کای آمده است. آیا این یک تله است، یا از تله هم بدتر؟ُ
نینجاها برای نجات پادشاهی ابرها باید با هم همراه شوند تا یک هیولای شاخک دار را به جایی که از آن آمده پس فرستند و مِرگ کوئیک را ببندند.
وقتی نینجاها با رقیب خود یعنی یک هیولای تکنولوژیکی نابودنشدنی در فاتوک ملاقات می کنند، سورا مطمئن است که ماموریتی به ایمپریوم تنها راه نابود کردن آن است.
در ایمپریوم، آرین گروهی از مبارزان جوان و پراشتیاق را راهنمایی می کند. سورا با تبهکاری از گذشته خود روبرو می شود. لوید یک ارباب بنیادین را از زندان آزاد می کند.
برای گیر انداختن اژدهایان، نینجاها باید سخت کار کنند، زود فکرشان را کار بیاندازند و یک راه خروج بیابند. مگر آنکه فوتکس ها زودتر به آنجا برسند.
سورا وارد ایمپیریوم می شود تا ریو را بیابد. نیا و کای به کاوش مسیری رازآلود می روند. لوید رهبری مبارزه ای حماسی علیه ارتشی از فوتکس ها را برعهده دارد.
نینجاها هیچگاه دست از کاری نمی کشند. نیا، کای و زین به نبرد با ایمپیریوم امید تازه ای می افکنند. لوید نیز پرده از رازی پنهان در اعماق شهر می اندازد.
نینجاها به امید پایان دادن به مرج کوییک، سرنخ ها را تا معبد هسته های اژدها دنبال می کنند. هم زمان، ملکه نقشه انتقام می کشد.
نینجاها برای یافتن سه هسته اژدها هر کدام به سویی می روند. یک دارودسته دریایی و خرچنگ اهلی شان بر سر راه لوید و ارین قرار می گیرند.
گذشته ویلدفایر باعث پیچیده تر شدن جستجوی او و کای به دنبال هسته اژدها می شود. آقای فراهیکی زین را به خرید در «تقاطع» می برد.
نیا و سورا طلسم قدرتمندی را آزاد می کنند تا به دنبال هسته اژدها بگردند. آقای فراهیکی سعی دارد خود را در جایگاه دستیار نگهبان صومعه ثابت کند.
چیزی نمانده تا سه تیم نینجا به سه هسته اژدها دست یابند؛ اما دشمنان و متحدان غیرمنتظره این جستجو را پیچیده تر می کنند.
کول، نیا و سورا در سرزمین اشیاء گمشده به هسته اژدها دست می یابند. کای به ویلدفایر نشان می دهد چطور به سوختگی های موج گرما رسیدگی کند.
ارین و لوید در سیستم اداری دولت کندوکاو می کنند، زین را نجات می دهند و رد هسته اژدهای گمشده را می زنند. آن ها با ماموران روبرو می شوند و فرد آشنایی را می بینند. کای به ویلدفایر اهمیت آرامش را آموزش می دهد.
در فلش بکی می بینیم که ملکه بئاتریکس با کمک ارباب راس که یک اژدهای منبع غول آسا را به دام انداخته به قدرت می رسد.
در امپریوم نیروی مقاومت تشکیل می شود اما ملکه کار ساختن سلاح مرج کوییک را به اتمام رسانده است.
لوید از سه هسته اژدها استفاده می کند تا به مرج کوییک ها پایان دهد و اژدهای منبع را از زیر امپریوم نجات دهد.
